Ana Sayfa / Bilim/Çevre / Düğümlü DNA kaymasının nanopresler boyunca seyretmesini izlemek

Düğümlü DNA kaymasının nanopresler boyunca seyretmesini izlemek

Karmaşık ve oldukça düğümlü yapıya sahip olan DNA filamentleri, biyolojik sistemlerin minik gözeneklerinden geçmeyi nasıl başarabilir? Bilim adamları, bu gibi durumlarda genetik materyal için mevcut seçenekleri araştırmak için bilgisayar simülasyonları kullandılar.

Yelkenli bir teknede bulunmuş olan herkes, bir ipin bir kancaya sabitlenip kaymasını önlemenin en iyi yolunun bir düğüm bağlamanın olduğunu bilir. Aynı şey, iki kumaş parçası boyunca kaymasını önlemek için düğümlerin verildiği dikiş iplikleri için de geçerlidir. Bu durumda, kıvrımlı ve çok yapıyı düğümleyen DNA filamentleri çeşitli biyolojik sistemlerin gözeneklerinden geçebilir mi? Trieste’deki Uluslararası İleri Araştırmalar Okulu (SISSA) araştırmacılarından Antonio Suma ve Cristian Micheletti’nin, bu gibi durumlarda genetik materyal için mevcut olan seçenekleri araştırmak için bilgisayar simülasyonlarını kullandıkları büyüleyici soru bu. Çalışma sadece yayımlandı PNAS .

“Hesaplamalı çalışmamız, düğümlenmiş DNA manipülasyonundaki en son deneysel atılımlara ışık tutuyor ve ilginç ve beklenmedik unsurları ekliyor” diye açıklıyor Micheletti. “İlk önce düğümlenmiş DNA filamentlerinin yaklaşık 10 nanometre çapında küçük gözenekler içerisinden geçtikleri gözlemledik.Bizim simülasyonlarımızda gözlemlenen davranış Cees Dekker liderliğindeki uluslararası bir araştırma ekibi tarafından elde edilen deneysel ölçümlerle iyi bir şekilde uyumluydu , Nature Biotechnology’de sadece birkaç ay önce yayınlanmış olan bu gelişmiş ve sofistike deneyler, DNA düğümlenmesinin anlaşılması için bir dönüm noktası olarak gösterildi ancak mevcut deneyler, DNA knotlarının dar gözenekten nasıl geçtiğini “göremiyor”. Aslında bu olgu, küçük bir mekansal ölçekte oluşur; Ve dolayısıyla mikroskoplar için erişilemez. Grubumuzun, büyük Alman biyofizikçi Klaus Schulten’in “bilgisayar mikroskopu”, yani bilgisayar simülasyonları dediği şeye başvurmasının nedeni tam da budur. ”

Suma ve Micheletti şunları anlatıyor: “Simülasyonlar, düğüm geçişinin iki ayrı şekilde oluşabileceğini ortaya koydu: düğümün sıkı olduğu ve düğümün daha delocalised olduğu durumda. Her iki durumda da, düğüm yalnızca geçmek için değil Gözenek boyunca, ama çok kısa sürede öyle. ” Dahası, DNA zincirinin çoğu geçtiğinde, düğüm genelde translokasyonun son aşamalarında geçer. Yazarlar, “Ancak düğümün büyüklüğü, küçük veya büyük olmasına rağmen gözenek tıkanma süresini fazla etkilemiyor gibi görünse de, bunun tersine sezgisel olan bir şey var” diyor. Dönüşü, filament boyunca düğümün başlangıç ​​konumuna bağlı “dedi. Araştırmacılar, bu sonuçların,

Mevcut biyolojik moleküllerdeki knot anlayışımızı ilerletmek, nanoparolar kullanarak DNA dizilimi gibi biyolojik bağlamlarda ve uygulamalı olanlarda etkilerini açıklığa kavuşturmak için önemlidir. Suma ve Micheletti, çalışmalarının önerdiği umut vaat eden yönergelerin DNA, RNA ve proteinlerdeki dolaşmanın ayrıntılı ve doğru bir şekilde profillendirilmesine neden olmasını umuyorlar.

Kaynak:

Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati

Hakkında Harun Kayar

1981 Mersin doğumlu olan Harun Kayar, Lise eğitiminin sonrasında Mersin Üniversitesi "Jeoloji Mühendisliği" mezunu olarak hayatına devam ediyor. Şuanda Gaziantep'te özel bir kurumda çalışan Harun Kayar, Sitemizin "Bilim" Kategorisinde yazılar hazırlamaktadır. Mail: harunkayar@batitrakyahaber.com - Adres : Cumhuriyet Mah. No: 62 Merkez/Mersin - Tel: +90 545 232 20 15

Bu habere de bakabilirisiniz

Eski PM Simitis: Yunanistan’da Toplumsal Bilinç Azalıyor

Eski Yunan Başbakanı Kostas Simitis , ekonomik krizin yol açtığı en büyük travmanın sosyal bilincin azalması olduğunu ...

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir